PNE記事補足

生物系研究室における遺伝情報解析のためのUNIX環境の構築
MacOS XとLinuxを用いて

東京大学大学院綜合文化研究科
佐藤直樹

蛋白質核酸酵素2002年４月号(vol. 47, No. 5, pp. 633-634)に掲載された「解説」記事関連の情報を紹介します。

実際に遺伝情報解析環境を設定するためのガイドを作りました。
OSのインストールと設定，様々なソフトのインストールと設定など
について，解説しています。

MacOS Xを中心に話題にしていますが、すでにLinuxは十分に解説があるので、これからの可能性をひろげるという意味でMacOS Xを取り上げました。私としては、いま使っていて、これが一番便利だと感じています。うらでUnixを使った計算をしながら、表でOfficeを使って、データ整理ができるというのは理想的です。

解説書 (pdf)

遺伝子解析プログラム　SISEQ のページ

MacOS X関連最新情報

注釈：　私自身は，生物情報科学を使って，生物の基本的なしくみや生物の進化を理解したいと考えています。ソフトはあくまでも手段ですが，生物系の研究者がプログラム作りを全くできないようなことでは，これからの生物科学は発展しないと思います。物理や化学では，実験をする研究者自身，自分の実験の解析のためにプログラムを作ります。生物も同じことだと思いますが，これまでは，生物系の研究が，遺伝子操作をつかってなまの生き物を取り扱うことにばかり重点を置きすぎていたように思います。生物系の研究者がプログラミングをすることを普及したいと考えて，このような雑文を書いております。

スクリーンショット
（PNEの記事の図１）

MacOS Xの上で，XFree86のXウィンドウがルートレスモードで動いている。
背景にはマックの画面が残ったままで，Xのウィンドウが開かれている。
左上の小さな3 x 3のウィンドウは，Pagerと呼ばれ，９個の仮想画面を表現している。従って，マウスを動かして右端にいくと，右側の仮想画面にはいり，マックの画面はそのままであるが，Xの画面は別のものを配置できる。同時にいくつもの作業をする場合に便利である。
Pagerの右に少しだけ見えているConsoleというウィンドウはXのログインウィンドウ。
右上にあるConsoleウィンドウもXのウィンドウで，ここでは，ディレクトリのファイルリストを表示している。lsではカラー表示オプションが使えるので，実行ファイルが緑，ディレクトリが青で表示されている。
左上と右下のウィンドウは，MacOS XのTerminalのウィンドウで，これも似たような表示ができる。左中ほどのウィンドウ(ttyp1)では，BLAST検索の結果を表示している。右下のウィンドウでは，SISEQによるアミノ酸配列への翻訳の出力を表示している。
左下のウィンドウは，Xウィンドウを使って表示されたClustal Xのアラインメント画面である。