東京大学大学院総合文化研究科　広域科学専攻・生命環境科学系／広域システム科学系
佐藤直樹研究室

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バイオインフォマティクスと進化

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当研究室では，生物情報の解析，ゲノム配列へのアノテーション，相同クラスタ解析，進化系統解析などを行っています。

多数のシアノバクテリアのゲノム配列が決められていますが，それらを相互に比較したり，植物・藻類のゲノム内容と比較することにより，シアノバクテリアから細胞内共生によって，藻類・植物の葉緑体（論文2003, 2001)に持ち込まれた遺伝子をすべて発見することができます。

このゲノム比較のために開発したのが，Gclustソフトウェアで，GclustとCyanoClustの二つのサーバーで，データを公開しています。ゲノム相互間のシンテニー解析の新たな方法を開発しました。

ゲノム情報解析のツールとして，SISEQを開発し，配列情報の変換などに使っています。マルチアラインメントの連結・切断・反転などもできます。

N末端の不揃いを解析し，補正する方法を開発しました。これもSISEQに入っています。

上の文中のリンクは，論文へのリンクですが，以下はソフトウェアへのリンクです。

SISEQ: ゲノム情報，アラインメントなどの処理ソフトウェア

GenoMap: 発現データなどを環状ゲノムにマッピングするソフトウェア

Gclust: 自分でクラスタリングする方は，このページからダウンロードして下さい。

進化に関する研究論文

核様体の不連続進化(Trends in Plant Science 2001)

核様体の分子構築と進化(International Review of Cytology 2003)

ミトコンドリアゲノム配列に基づく陸上植物進化(Mol Biol Evol 2007)

PsbPの進化解析(Mol Phylogenet. Evol. 2010)

葉緑体の進化(The Structure and Function of Plastids Chapter 4, 2006)

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