Last update: Jan. 15, 2003.

０．Apple 版 X11 for Mac OS X (Jan. 2003)

ついにでるべきものがでたという感じです。従来，Mac OS X用のX windowシステムは，下記のようにXFree86から出されていましたが，バージョンによって，うまく機能しなかったり，今まで使えたソフトが動かなくなるといった問題がありました。今回，10.2.3の上で使えるというアップル製のというべきかアップルが承認したものというべきかわかりませんが，X11R6.6のシステムが，下記のアップルのサイトからダウンロードできるようになりました。

　早速試してみました。まず，インストールにより，/etc/X11と/usr/X11R6の中に上書きされます，しかし，これまでのXが入っていても，特に問題ないようです。私は，それぞれバックアップをとって（といいたいところですが，/etc/X11のバックアップは忘れました），アップル版Xをインストールしました。/Applications/XDarwin.appとは別に，/Applications/X11がインストールされます。このアイコンをダブルクリックすると，確かにX のウィンドウができます。この場合，ホームディレクトリに .xsession または .xinitrc （どちらもファイル名の最初にドットがつく設定ファイルです）が存在すると，それが使われますが，mwmとは競合するため，アップル製のtwmが使われ，そのため，従来のXで，LessTifを使っていた場合には，適合しません。たぶん画面はでると思いますが，私の場合も，でてきたウィンドウが画面からはみ出して，どうにもならない状態でした。これは，上記の設定ファイルの名前を変えることで解決します。また，設定内容を適当に書き換えてもよいでしょう。さて，でてきたウィンドウはマック風で，そのままだとスクロールバーもありません。これは，上のメニューから設定を選び，xterm のオプションに適当な内容を書き込めば解決します。たとえば，
　-sb -sl 1000
とすれば，横にスクロールバーがつき，１０００行をバッファーに取り込むことができます。詳しくはXウィンドウの解説書を参照してください。
また，これまでmotifとリンクして作ってあったclustalx, njplotもこのウィンドウから起動できました。その場合，ウィンドウのようすがマック風になり，従来クラシック用に作られていたこれらのソフトと類似のウィンドウになりました

リンク：　X11 for Mac OS X  

便利な点は，上のメニューバーから新たなウィンドウを開くことができること，また，設定メニューに起動したいソフトとそのオプションを登録しておくことができることなど，X ウィンドウをマック風に操ることができることでしょう。

でも私はあまり気に入っていません。というのも，LessTifを使ったMotifウィンドウマネージャーの方が，いわゆるUNIX風で，ウィンドウがきれいですし，ウィンドウの細かい設定がボタンクリックでできること，Pagerといってデフォルトで９画面分の 仮想画面が使えることなど，通常のUNIXのX windowの使い方が可能になるためです。アップル製のウィンドウマネージャーは，従来のマックとの統一性はありますが，もう少しXらしいものにもできるよう，カスタマイズがさらに可能になってほしいものです。いずれOpenMotifも使えるようになるかもしれませんし，GNOMEなどのウィンドウマネージャー（デスクトップマネージャー？）も使用可能になるとよいと思います。そうなると全然マックではなくなってしまいますが。

１．BLAST関連 (Jan. 2003)

1.1.    AGBLAST

G4を使ってMacOS X上でBLASTサーチを行う際，G4の特徴であるVelocity Engineの機能を活かすよう，改変されたバージョンのテスト版が作られています。G4を使った場合，128 bitのVelocity Engineを使って演算を行うため，計算速度が著しく向上しています。しかし，通常のBLASTでは，ディスクの読み書きがかなりの時間をとるため，トータルの実行時間では，あまり大きな変化はないかもしれません。また，計算負荷のあまり大きくないblastpなどでは，あまり大きな御利益はないかもしれません。

リンク：Apple's announcement

1.2.    NCBI tools

現在の最新版は20021213とついたもののようですが，このバージョンでは，Darwin OS対応のファイルで，X windowではなく，Aquaインターフェイス用のアプリケーションができるようになっています。これを使うためには，Developper toolにあるソフトウェアを作るソフトを利用してやっていく必要があり，私自身はこれについては，わかりません。従来のX window用の記述もコメントアウトされているだけなので，書き換えることで，使えそうだと思います。これをみたときには，いずれすべてのMac OS XのインターフェイスはAquaに統一されていくのかと思ったのですが，上述のように，アップルからX11がでるという状況で，おそらく，２種類のグラフィカルインターフェイスが共存していくのではないかと思います。また，これに伴って，Mac OS X用のMotif (openmotif?)や，いずれNCBI toolsに関しても，X11対応のものが改めてでるようにも期待されます。ただ，当面すぐには，いろいろなものが変わっていかないので，ClustalXのコンパイルなどでトラブル可能性もありますが，徐々に対応が進んでいくものと思います。 なお，現在のNCBI toolsでは，Velocity Engine (Altivec) の利用は含まれていません。ただ単に，-faltivec という一言をコンパイラオプションに入れればよいのかどうか，AGBLASTではもう少し別の最適化もやっているように書かれていますので，直ちに判断できません。

２．Darwin OSの情報

MacOS Xバージョン10.1.3のリリースにともない，基本OSであるDarwin OSのバージョンも1.4.1となりました。Darwin OSでは，通常のUNIXと異なる点が数多くあります。たとえば，ユーザー名を定義したpasswdファイルが/etcにあるのがふつうであり，確かに，MacOS Xでもそのファイルは存在しますが，実際にシステムが参照するのは，NetInfo Managerで管理されたデータベースで，これは手では編集できません。niutil というコマンドがあります。新規ユーザの登録などを手作業でやる場合には，このコマンドを使います。ネットワークの設定についても，/etc/hostsファイルを編集してもだめで，これもNetInfo Managerまたはniutilコマンドで設定します。NetInfo Managerは一応グラフィカルインターフェイスではありますが，かなりわかりにくく，適当な参考書をみてください。niutilに至っては，全くのコマンドラインからの操作になり，きわめて難しくなります。Darwin OSの様々なHowTo'sについては，下記のリンクをご覧ください。ちなみに右のイラストは，Darwin OSのマスコットHexleyです。
 

リンク：　http://www.darwinfo.org/ 　特にその下の　howto/

３．Open Source Projects

Darwin OSが使えるのは，なにもAppleのコンピュータばかりではありません。いわゆるウィンドウズパソコン(DOS/V機，IBM PC互換機）でも動かすことができます。もちろんMacOS Xの画面はでませんが，基本的なUNIXベースのOSは使えます。また，X windowも使えます。ただしまだ，日本語は表示も入力もできません。Linuxの代わりに使える可能性があります。最近のLinuxディストリビューションは，いらない機能が多すぎて，しかもGUIも非常に重くなっているので，少し古いPCでサーバーを作ろうという場合には，不適当です。この場合，Darwin OSが一つの可能性だと思います。ただし，まだ，対応するハードウェアが少なく，ネットワークがつながればめでたし，というところだと思いますので，研究室のウェブサーバーやファイルサーバーとして，適しています。なお，ウェブサーバーは，律速段階がネットワークの転送速度であり，これは，CPUの速度に比べ，２桁程度遅いので，１０年前のパソコンのCPUでも問題ありません。もちろん負荷にもよりますが。私のところでは，昔のQuadra800 (33 MHz)でNetBSDを使ったウェブサーバーを作って利用しています。つまりみなさんが今みているこのページのことです。古いパソコンは捨てないで，ウェブサーバーとして活用しましょう。さて，本題に戻って，Darwin OSや，そのintel搭載機への導入については，アップルのOpen Source Projectsのページをみてください

リンク：　http://www.opensource.apple.com/ 　およびそこからのリンク

４．X window (Jan, 2003)

X windowシステムもどんどん更新されています。最近，XFree86のバージョン4.2.0がリリースされました。これは基本的には，UNIX用のX windowですが，MacOS X用の改良がどんどん追加されていて，今では，MacOS Xの上でダウンロードしたインストーラをダブルクリックすればインストールができるというふつうのMacOS X用のアプリケーションの一つとして配布されています。リンク先は上記のアップルのOpen Source Projectsのページをみてください。または，
　　http://sourceforge.net/projects/xonx/ 　

です。なお，注意事項として，すでに前のバージョンのX windowシステムがインストールされている場合には，あらかじめ，rootになって，/etc/X11と/usr/X11R6の２つのディレクトリをバックアップしておいてください。たとえば，
    cp -a /etc/X11 /etc/X11.bak
    cp -a /usr/X11R6 /usr/X11R6.bak
ここで，-aオプションはディレクトリ全体にあるファイルを全てもとのパーミションを保持したままコピーするものです。インストールののち，特に問題がなければ，このバックアップディレクトリは消去してかまいません。なお，今回のバージョン4.2.0はMacOS X 10.1に対応するもので，最初にリリースされたMacOS X 10.0とは互換性がありません。まず，MacOS Xを10.1.3にバージョンアップしてからインストールしてください。

現在の最新版は，4.2.0.2で，これを入れるとこれまでにおきたトラブルがだいたい解決しました。

さらに，上記のようにAppleからもX11がでましたので，それも使えると思います。

５．以前に載せた緊急のお知らせ（既に古くなりました, Aug. 2002）

5．Mac OS X 10.2 (Jaguar) の利用 (Oct. 2002)