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A simple sequence manipulation tool. バージョン 159.

開発者:佐藤直樹




これは,大きなデータベースファイルや複数配列ファイルのデータをまとめて取り扱うためのソフトです。
もちろん,簡単な配列の変換などもできます。ふつうのコンピュータならどれでも使えます。
主に文字によるコマンドで入力して処理しますが,後述のグラフィックなインターフェイスもあります。ただし,その 場合,コンピュータに習熟していることが必要です。
Mac OS Xで利用する場合,ソースコードからコンパイルする必要があります。
コンパイルするための環境は,Xcodeが必要です。
これは,アプリケーションフォルダのインストールフォルダかDVDからインストールできます。

バージョン1.59については README file 

機能の説明
SISEQ は最近のバージョンでかなり機能強化されました。
バージョン1.59では,質量スペクトルに対応する配列の検索も可能になりました。
SISEQは,GenBank, EMBL, Swiss Prot, UniProt または FASTA フォーマットのファイルを扱うことができます。 このプログラムを利用すると,複数配列ファイルをまとめて,翻訳したり,相補鎖に変換することができますので,系統解析の際の,アラインメントの処理に便 利です。詳細については, 'README' ファイルまたは  'About' ファイルをご覧下さい。各コマンドの説明については,ヘルプコマンドも利用できます。このプログラムは,スクリプトモードでも実行することができ,その場 合,いろいろなファイルの処理を行う手順を定めたスクリプトファイル'siseq.cf'をつくっておくと,その通りに実行されます。これは,マックでも 可能です。サンプルスクリプトは,'siseq.cf.bak'の名前のファイルをご覧下さい。siseqは,そのまま起動されると,コマンド入力モード に入りますが,カレントディレクトリに'siseq.cf'ファイルが存在すると,その内容を自動的に実行します。必要のないときは,ファイル名を変えて おいて下さい。

なお,日本語版もあります。主なメニューとヘ ルプだけですが,日本語の説明が表示されます。ただし,ファイル名などはやはり日本語は無理ですので,注意してください。また,日本語の説明は古い版のま まです。

マック版とウィンドウズ版では,プログラムは'siseq.FAT'または 'siseq.exe'の一つにまとまっています。 



論文

Sato, N. (2000)
Manipulation of multiple sequence and large database files for common platforms.
Bioinformatics 16, 180-181.


(注 意: ソースコードを除きすべて古いバージョンです)

バイナリ版(ふつうのプログラム)

SISEQ  Mac 版 (FAT形式なのでパワーマックでも古いマックでも使える)

SISEQ ウィンドウズ版

SISEQ Tcl/Tk スクリプト: Tcl/Tkを用いたGUI グラフィックインターフェイス
Tcl7.6/Tk4.2, Tcl/Tk8.0, Tcl/Tk8.1 または Tcl/Tk8.2が必要です。www.scriptics.comから入手できます。
マックおよびウィンドウズ版でも利用できます。全てのファイルを同じフォルダにおいたほうが,やりやすいと思います。
バージョン1.23からは,Tkウィンドウのメニューに日本語が入りました。ただし,日本語の利用は,Tcl/Tk 8.1以上でないとできません。簡単なマニュアルは, About_siseq.tkを ご覧下さい。

SISEQ マニュアル(日本語版)

SISEQ マニュアル(日本語版,html)

SISEQ package manual in English

SISEQ マニュアル(日本語版,ワード)

ソースコードは,学術目的の使用に関しては,無償で提供します。それ以外の場合は,ご相談下さい。 (version 1.59)

ソースコードはここです。
 
 



Last update: June 8, 2010.

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