2024.12.4 Gclust Serverが新たなサイトに移行して約１年，2024年になってから，３つのデータを追加しました。Gclust2024, APclust2024, Melainaclust2024です。APclustはアーキプラスチダに，Melainaclustはシアノバクテリアとその関連細菌に，それぞれ特化したデータセットで，Gclustを開発して１５年経って，比較したい生物のゲノム配列が出そろい，ようやく期待通りの比較ゲノム解析に利用できる状況になりました。
2024.12.4 今年はいくつか論文が出ました。アシルプラストキノールの脱アシル化に働く酵素の同定に関するPlant Journalの論文（神保さんが主としてまとめてくれました），灰色藻の脂肪酸合成系を調べ，おそらく葉緑体には脂肪酸合成活性がないことを示したJ. Exp. Bot.の論文（静岡の粟井さんたちとの共同研究），クラミドモナスの葉緑体の立体構造を電子顕微鏡連続切片から再構築したProtoplasmaの論文（豊岡さんたちとの共同研究）です。あとの二つはどちらもOpen accessです。これまでの常識を覆すものだと自負していますが，だいぶ時間がかかりました。 2022.12.20 葉緑体の二枚の包膜の起源について，高校生物でどのように教えられているのかということについて，外包膜が以前は宿主由来とされていましたが，今は曖昧にされていて，外国の教科書では共生体由来とされているなど，混乱が見られます。これを論じた解説が『遺伝』に掲載されました。大阪公立大の小林さんとの共著です。
2022.12.7 従来シアノバクテリアにTAGがあるという報告がいくつもありましたが，TLC上でTAGと同じところに検出される物質の主成分はアシルプラストキノールであることを突き止めました。11月にはbioRxivで公開し，少し改訂した上で，12月にBBRCに掲載されました。APQの構造決定はNMRによる私たちのもので確定していますが，他のグループが示しているLC/MSによるシグナルにはまだきちんと同定できないシグナルがあるので，今後の課題です。
2021.10.02 [2021.5.14] １年半前にJPRに掲載された論文（2019.12.7参照）が，日本植物学会の2021年度論文賞を受賞しました。細胞内共生説の見直しを訴えているところですが，学会から評価を受けたことは大変名誉で嬉しく思っています。大会のオンライン・バーチャル授賞式でいただいた賞状とトロフィーが到着しました。
2021. 7.2 植物脂質代謝経路データベースについての解説がPlant Lipidsの１章として出版されました。
2021. 6.28 科学哲学に関するインタビュー記事が産経新聞に掲載されました。
2021.5.27 細胞内共生説を考える新たな論文をGenesに出版しました。JPR論文の更新版とも言えるものですが，今考えられることを整理してまとめています。
2021.5.15 すでに出版された論文ですが，エントロピーと確率から生命を考える哲学の論文が，Philosophiesに掲載されました。生命の成り立ちをゲノムの情報量と生命体がもつ情報の両方から考察した論文です。
2021.5.15 これもすでに出版された論文ですが，クラミドモナスの一種Chlamydomonas debaryanaの脂質とデンプン代謝を13Cラベルを使って詳細に解析した論文が，Frontiers in Plant Scienceに掲載されました。これは2020年夏に本来開催されるはずだった国際植物脂質シンポジウムの発表に代わるものです。脂質やデンプンの代謝回転が意外と速いこと，すぐに作りかえた後は，かなり長く残ることなどが分かりました。定常期におけるTAG蓄積の原因も，新規合成と膜脂質からの作りかえの両方が寄与していると推定されました。
(元は2019.12.7) 懸案だった色素体タンパク質の起源の複雑さに関する論文がJournal of Plant Researchにオンライン掲載されました。オープンアクセスになりますので，プリント後も誰でもダウンロードできます。色素体がシアノバクテリアの単一の細胞内共生でできたという説に再考を促す内容を，多数の系統樹解析に基づいて，19ページにわたって述べた論文です。
2020.10.11 『科学哲学へのいざない』に関するインタビュー記事がJBpressに掲載されました。また同じところからYouTubeのビデオも視聴することができます。47分間と長めですが，本の内容についていろいろと話す機会が得られました。
2020.7.20 2019年度に慶應義塾大学で「哲学II」として行った科学哲学の講義の内容をまとめた『科学哲学へのいざない』（青土社）が刊行されました。サミュエル・オカーシャの『科学哲学』を参照しながら，酵素概念の歴史的解析，クーンのパラダイム・通常科学概念の批判的検討，科学研究のネットワークモデル，昨今の感染症問題の批判的検討などの独自の視点を盛り込んでいます。
2020.7.19 裳華房から2014年に出版した『植物生理学』は，さまざまな大学での講義に利用する中でいくつかの軽微な誤りを修正することができ，第三版が出ることになりました。古い版をお使いの皆様には多少なりともご迷惑をおかけしたかもしれませんが，今度の版でほぼ細かい修正点はなくなったと思います。
2020.6.13 シアニジオシゾンのゲノムの再解析の結果がMicrobiology Resource Announcementsに掲載されました。特に，ミトコンドリアゲノムの配列を修正しました。関連研究をしている方は，1998年の配列ではなく，更新した配列情報(LC519602)をお使いください。
2020.2.12 定年前最後の２年間くらいで実験を行っていた根足類ポーリネラの脂質分析と脂質生合成に関する論文がPlant & Cell Physiol.に受理され，掲載されました。なお，吉本研との共同研究で行ったChlamydomonas debaryanaをアルギン酸ゲルに封入するとよく成長し，脂質を多く蓄積するという現象の発見の論文も，同じPlant & Cell Physiol.に掲載されています。
2020.1.17 2018年に出版した『細胞内共生説の謎』の英語版"Endosymbiotic Origin of Organelles Revisited"がSpringerから出版されました。プリント版とEPUB/PDF版があります。少々高いですが，ミトコンドリアについても記述を追加し，多くの図版をオリジナルなものに入れ替えました。また，いくつかの図をカラーにしました。日本語版での誤りもかなり直しました。日本語版を読んだ方にも役立つものと思います。
2019.12.20 「光合成は葉緑体の細胞内共生説を支持するのか」という解説を光合成研究に発表しました。英語の論文，本と併せてご覧ください。
2019.10.11 慶應義塾大学での哲学IIの講義も100名ほどの学生の出席があり，オカーシャの『科学哲学入門』を教科書として進めています。科学的推論とはどういうものなのかなど，教養レベルの学生として考えておくべきことを取り上げています。
2019.9.16 日本植物学会賞特別賞を受賞しました。出版活動を通じての生物学知識の普及が評価されました。植物学会のHPに掲載されています。
2019.5.10 既に始まっていますが，帝京科学大学で非常勤講師として１年生向けに「植物のかたちと分類」という講義をしています。千住キャンパスと東京西キャンパスの両方で合わせて８０名くらいの学生に植物の入門的な話をしています。
2019.4.8 本日から慶應義塾大学で非常勤講師として１年生向けに哲学I, IIの講義を始めました。生命論や科学哲学を扱います。5月10日現在の登録人数は１３０名くらいで，文，経，商，法，理工，薬のさまざまな学生が聞いています。いまは『創発の生命学』に沿った話をしています。
2019.4.1 3月31日をもって東京大学を定年退職しました。定年の挨拶記事が教養学部報に掲載されています。なお，今年度は，特任研究員として細胞内共生説に関する基盤研究（B)を継続します。
2018.11.21 紅藻Cyanidioschyzon meloraeの単離葉緑体における脂肪酸・脂質合成の研究が，FEBS Open Bioに受理されました。原稿がオンライン掲載されていますが，最終版もopen accessとなります。紅藻一般にも通ずる脂質代謝の特徴を明らかにしました。
2018.11.19 過去50年間の約90万件の生物学関連論文のタイトルと要旨のテキスト解析により，現代生物学史が3つの時期に区分されることと，一番新しいゲノム時期には「役割」や「機能」という言葉が極めて多用されることを明らかにしました。J. Theor. Biol.(著者リンク)に掲載されています。
2018.11.14 シアニジオシゾンを暗所で培養するとクロロフィル合成ができないため，光化学系Iがなくなり，それに伴ってチラコイド膜がチューブ状になります。光化学系Iが平らなチラコイド膜の構造維持に関わる可能性を示唆した論文をPhotosynthesis Researchに発表しました。
2018.4.4 長年取り組んできたクラミドモナスの倒立生物対流の論文がHeliyonに掲載されました(open access)。物理学と生物学を融合した研究です。細胞の状態変化を含む非常に単純なモデルがコンピュータシミュレーションがによって支持されました。
2018.2.28 シアノバクテリアの比較的根元に近いクレードに属するPseudanabaena sp. ABRG5-3の完全ゲノム配列を決定した報告が，Genome Announcementsに掲載されました。田島君のお手柄でした。
2018.2.10 クラミドモナスの細胞が油脂顆粒を貯める場合，葉緑体の内部にも存在するという報告がありましたが，すべての油脂顆粒は細胞質コンパートメントに存在し，そうでないものは検出できないことを示す論文が，Plant Physiologyに掲載されました。和田研との共同研究です。
2018.1.17 Chlamydomonas debaryana NIES-2212株における油脂とデンプンの蓄積量を最適化する研究が，Microbiologyに掲載されました。窒素飢餓にしなくてもたくさん貯まります。
2018.1.12 PCを含むクラミドモナスに共通に存在するPLMTの機能確認と系統解析により，緑藻類におけるPC合成系の進化を論じた論文が， J. Mol. Evol.に掲載されました。
2017.11.20 葉緑体の脂質合成系のうち，G3PからDAGの合成までのいわゆる原核経路がシアノバクテリア起源ではないことを示す論文が， Genome Biology and Evolutionに掲載されました。静岡大学の粟井先生との共同研究です。
2017.9.11 細胞内共生説で有名なリン・マーギュリスの業績を再評価する科学史の論文がJ. Theor. Biol.の共生説50周年記念号に掲載されることが決まりました。共生説の本当の提唱者は誰なのか，解説しています。
2017.8.10 ヒメツリガネゴケの葉緑体の二枚の包膜の中間にペプチドグリカンと思われる物質が存在することを，通常の透過型電子顕微鏡による像の詳細な画像解析（独自開発の１ピクセル密度測定）により明らかにした論文が，Plant & Cell Physiology誌に受理されました(full access)。
2017.6.17 ホスファチジルコリンを含むクラミドモナスの２種に存在するホスホエタノールアミンのメチル化酵素(PEAMT)を発見した論文が，BBRCに掲載されました。４月から和田研に移籍した平嶋君が修士論文で行った研究です。
2017.6.8 葉緑体ペプチドグリカン合成系の10個の酵素について系統解析をおこなった結果、8個の起源がシアノバクテリアではないことがわかりました。光合成を別として、葉緑体の細胞内共生説の最大の証拠と見なされていたものがかなり脆いことが判明しました。これに関する論文が、J Plant Research に掲載されました。関連研究も進行中です。
2017.3.21 シアニジオシゾンなど紅藻を使った物質生産の可能性に関するミニレビューが、World J Microbiol Biotechnolに掲載されました。
2017.3.10 『生物科学の歴史 現代の生命思想を理解するために』(ミシェル・モランジュ著 佐藤直樹訳)がみすず書房より刊行されました。著名な生物学の歴史の研究者による、一枚も図のない生物学思想の歴史書です。みすずのホームページ右上のトピックスにもPPMMと題した記事を書きました。
2017.1.5 シアニジオシゾンの2つの亜硫酸還元酵素の基質特異性に関する論文が、J Biochemにonline掲載されました。
2016.10.2 ホスファチジルコリンを含むクラミドモナス属の4種のドラフトゲノム配列を報告する論文が、Genome Announcementsに掲載されました。
2016.10.2 シアニジオシゾンの脂質代謝系のすべての酵素の局在解析にもとづく脂質代謝経路推定の論文が、Frontiers in Plant Scienceに掲載されました(8月でした)。
2016.9.30 シアノバクテリアのGlcDGからMGDGヘの変換が、C-4エピマー化であることをin vivoで証明する13Cを使ったcombinatomer解析による論文が、Biochemistryに受理されました。これは30年以上にわたるシアノバクテリアの脂質合成系の研究の集大成となる研究で、脂質分析のさまざまな技術とコンピュータ処理など綜合的な研究の成果です。
2016.9.1 色素体の細胞内共生関連で二つ：１つはメレシコフスキーの共生説を紹介する論文が、光合成研究26巻2号に掲載されました。もう１つは、色素体とシアノバクテリアの連続性・不連続性に関する論文で、国際細胞共生学会誌に掲載されました。細胞内共生説はマーギュリスと思っていませんか?また、細胞内共生とは一体何なのか、当たりまえになりすぎている話を疑って考えましょう。
2016.5.7 紅藻と2種のクラミドモナスにおけるホスファチジルコリンの合成について、32Pラベルによって調べた論文が、Plant Jに受理されました。
2016.4.18 パルマ藻Triparma laevisのオルガネラゲノムを解析した論文が、Current Geneticsに掲載されました。
2016.2.29/5.07 研究室メンバーの協力による単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolaeの脂質蓄積を解析した論文が、Microbiologyに受理され、Editor's choiceに選ばれました。1か月間Open accessとなります。
2016.2.5 シアノバクテリアにおけるMGDG合成系に関するミニレビューが、Frontiers in Plant Scienceに掲載されました。
2015.11.12 PCをもつクラミドモナスNIES2212株が通常培養条件でも大量に脂質を蓄積することを見つけました。豊島研究員による論文が、Plant & Cell Physiologyに受理されました。
2015.10.6 シアニジオシゾンの高密度培養を用いた有機物利用の解析と従属栄養培養成功に関する森山助教による論文が、Springer Plusに掲載されました。
2015.9.26 ジャン・ドゥーシュ著『進化する遺伝子概念』の翻訳が9月26日に、みすず書房から刊行されました。
2015.9.9 mgdEをもたないシアノバクテリアにおける糖脂質合成に関する論文が、Plant Cell Physiol.に掲載されました。
2015.6.1 HPCシステムズ株式会社のHPで、インタビュー記事が掲載されました。研究裏話などもあります。学生の方は参考になるかもしれません。
2015.5.7 「シアノバクテリアにおける糖脂質合成系と酸素発生型光合成の進化」が、日本生化学会の和文誌「生化学」2号に「みにれびゅう」として掲載されました(ただし、学会員でないとオンライン版は読めません)。
2014.11.28 シアノバクテリアが運動しながら渦巻を作るということを研究した論文がLifeに掲載されました。動きの中から超細胞構造が創発するという新しい発想です。
2014.10.1 シアノバクテリアにおけるGlcDGからMGDGを合成するエピメラーゼを同定した論文がPNASに，9月2日に掲載されました。この酵素は30年前に佐藤が博士論文で存在を予測して以来、世界中で長らく探し求められてきたものです。この酵素の変異により、ガラクト脂質が完全にグルコ脂質に置き換わった膜をもつ細胞ができ、それでも酸素発生型光合成が出来ることが実証されました。10月1日には，東大のUTokyo Researchにも解説が載りました。静岡大の粟井准教授・東工大の太田教授との共同研究です。
2014.8.31 プロトポルフィリノーゲンIX酸化に関わる3種類の酵素の不思議な進化に関する論文がGenome Biology and Evolutionに掲載されました。和田研究室の小林助教らとの共同研究です。
2014.8.1 『しくみと原理で解き明かす植物生理学』が裳華房から刊行されました。やさしい植物生理学の教科書です。
2014.7.15 森山助教によるシアニジオシゾンの代謝酵素の細胞内局在に関する論文がPlantaに掲載されました。
2014.6.24 LatoucheとHarpagesによる著作の翻訳『脱成長(ダウンシフト)のとき』が、未来社より刊行されました。生き方を考える本として、広く読んでいただきたいと思います。
2014.6.23（9月9日更新)クラミドモナス属の緑藻にホスファチジルコリンが存在することを発見しました。論文がJ. Plant Researchに掲載されました。
2014.5.28 植物の陸上進出の鍵をにぎる車軸藻Klebsormidium flaccidumゲノムを解読した論文がNature communicationsに掲載されました。GCOEのみんなで協力した成果です。Open Accessです。
2014.5.15 紅藻チノリモの葉緑体ゲノムを解読した論文がJ. Plant Researchに掲載されました。
2014.2.3 完全光独立栄養条件下で培養したクラミドモナスにおける窒素飢餓による脂質蓄積に関する論文がEukaryotic Cellに掲載されました。脂肪酸の構造決定に関する詳細なサプリメントをつけました。参考にして下さい。
2014.1.16 シアニジオシゾンのオルガネラ複製関連タンパク質の細胞内局在の論文がGenome Biology and Evolutionに掲載されました。
2013.6.26 『生物科学』7月号に、特集「生命現象は物理学や化学で説明し尽くされるか」を掲載しました。佐藤が「生物学的説明の二元論：生物学的文脈の中の還元論、非還元論」を執筆した他、国内外の生物哲学者による解説記事をあつめています。
2013.4.18 『現代化学』5月号に、和田先生と共同の記事「脂質生産を微細藻類に托せるか」が掲載されます。
2013.4. パスツール研究所が刊行したパスツールの伝記『パスツールと微生物』の翻訳が出版されました。
2013.2. 森山助教によるオルガネラのDNAポリメラーゼ(POP)に関する総説が出版されました。2014年9月の報告によると，すでにアクセス数2000をこえているそうです。
2013.1. 翻訳書「生命起源論の科学哲学」がみすず書房から刊行されました。フランスの科学哲学者マラテールによる2010年の著作の全訳で、生命の起源に関する科学的な内容と科学哲学的解析の両面が含まれています。
2013.1. 植物のガラクト脂質欠損変異株の詳細な解析について、和田研の小林康一さんを中心とする共同研究の成果がPlant Journalに掲載されました。
2012.8. 「40年後の『偶然と必然』 モノーが描いた生命・進化・人類の未来」が東京大学出版会から刊行されました。モノーの『偶然と必然』を原著にもとづいて全面的に解釈しなおしたものです。書店では科学哲学のコーナーに山積みされています。
2012.7. 20年前に見つけたシアノバクテリアの低温誘導性dps遺伝子についての解析結果を、研究室総掛かりでまとめた結果が、Microbiology誌に掲載されることになりました。
2012.5. 「エントロピーから読み解く生物学 めぐりめぐみ わきあがる生命」が5月25日に裳華房から刊行されました。
2012.2. 以前に日本語で発表した光合成のエントロピー論を拡張して、「不均一性」"inhomogeneity"から生命世界を理解する理論をEntropy誌に発表しました。個別生体部品の働きとは一線を画し、生命活動全体の基本を解説したものです。
2011.12. Gclustで得られたアラインメントのN末端整合性評価とアラインメント修正の手法の論文がGenomicsに掲載されました。
2011.10. CREST・植物脂質が始まりました。危機的なエネルギー問題や環境問題の解決のために、植物や光合成をどのように活かすかという国家的とりくみの一環です。
2011.9. Synechocystis sp. PCC 6803 GT-S株のゲノム配列を決め、データベースに公開しました。Accession番号は、AP012205です。論文もDNA Researchに掲載されました。もとのかずさ株も含め、正確な配列を決めたもので、6803の基準配列になります。
2011.6. 教養学部報619号に「理系学生にもっと第二外国語を」という記事を発表しました。オンラインアクセスは学内のみ可能です。印刷版も配付されています。
2010.6. Cyanidioschyzonの細胞周期における遺伝子発現を調べた論文が>Microbiologyに掲載されました。
2010.6. 光合成の酸素発生系OEC23をコードするpsbP遺伝子の多数のホモログの進化について、Gclustデータを活用して解析した結果の論文Mol. Phylogenet. Evol.のプリント版が出版されました。
2010.3. 植物や微細藻類、鞭毛虫などのオルガネラゲノムの複製酵素POPについての研究がProtistに受理されました。2010.11. 印刷版はおくれていますが、「最新論文」から参照できます。
2010.3. 食用にもなるシアノバクテリアArthrospira（俗称スピルリナ)のゲノム塩基配列のアノテーションにCyanoClustを活用しました。論文はDNA Researchに発表されました。
2010.1. Anabaenaのヘテロシスト形成では、分化決定のずっと前、恐らくは誘導以前から、分化しうる細胞が選択されていることを述べた論文がArchives of Microbiologyに出版されました。
2009.12. 佐々木君の論文が２つ、DatabaseとGenome Biol. Evol.に受理され、2009年に受理された論文の総数が11になりました。これまでで最多です。
2009.10. シアニジオシゾンの亜硫酸還元酵素SiRBが亜硝酸還元活性をもつことを、Biochemical Journalに発表しました。
2009.5. 長らく研究をつづけてきた共生体起原の葉緑体タンパク質の機能解析の論文がPlant & Cell Physiologyに掲載されました。
2009.7. PEND-GFPを用いた色素体核様体の可視化について、Kevin Pyke著Plastid Biology(Cambridge University Press) ISBN 978-0521711975に大きく紹介されました(34-36ページ、図2枚つき)。
2009.6. シロイヌナズナのFtsZリングの動態の観察結果がPlant & Cell Physiologyに掲載されました。
2009.6. 和田研と共同研究：DGDG欠損株の機能解析の論文の第一報がFEBS Lettersにでていますが、さらに第二報がArchives of Microbiologyにでました。
2009.3. 長く研究をつづけている葉緑体包膜のDNA結合タンパク質であるPENDタンパク質の葉緑体局在を詳しく解析した論文がFEBS Journalに掲載されました。
2009.3. Gclustソフトウェアの論文がBioinformaticsに掲載されました。
2008.12. 生命現象に潜む法則性を更新しました。
2008.12. 第二外国語としてのフランス語のすすめを掲載しました。2009年度には全学ゼミもやります。
2008.10. これまでゲノムひろばで配付していた生き物カード(Ikimon)を公開しました。一部に訂正がありました。
2008.4. Gclust データベースを更新：95種の生物の比較が可能に：日本語使用者ガイドも更新
2008.4. 植物オルガネラ局在型DNAポリメラーゼ(POP)をはじめて精製し，その性質を調べました．
2008.4ヒメツリガネゴケ原糸体の先端成長の映像（教育用)を公開
2007.10. 第二のDGDG合成酵素を発見し、光合成におけるDGDGの役割を解明 (和田研究室との共同研究)
